第一話:市川染五郎
第三シーズン第一話の犯人役ゲストは歌舞伎役者の市川染五郎。1999年4月13日に初回放送されており、視聴率は25.5%を記録しています。
市川は落語家の気楽家雅楽を演じました。雅楽は、落語家として人気者でしたが新作を作ることが出来ないため、モロ師岡演じる気楽家苦楽のネタを盗んで自分のネタとしていました。
そのことに苦楽が築いた際に、口論となり、雅楽は気楽を殺害してしまいます。苦楽の死を自殺として隠ぺいしようとしますが、苦楽が死んだと聞かされた時、雅楽はいつ死んだか聞き返せませんでした。それを古畑が怪しみ、犯人として突き止めていきます。
第二話:真田広之
第二話の犯人役は真田広之でした。初回放送は1999年4月20日で、視聴率は24.5%。
真田が演じたのはメディアプランナーの由良一夫です。由良が宿泊していたホテルで、頭を銃で撃ち抜かれた議員の死体が発見され、古畑が調査に駆り出されます。
議員は自殺かと思われましたが、死亡する前日何度もマッサージサービスに間違い電話をしており、古畑は被害者が本当にかけたかったのは由良の番号ではないかと疑います。
第三話:松村達雄&岡八郎
第三話のゲスト俳優は、松村達雄と岡八郎です。初回放送は1999年4月27日、視聴率は22.1%でした。
古畑が、出張帰りに立ち寄った村で、事件が起きます。その村は、日下部薫子という詐欺師から金をだまし取られていましたが、それに気づいた村長が彼女を殺害。村長を敬愛する村人たちは、村ぐるみで事件を隠ぺいしようとします。
松村達雄は村長の荒木嘉右衛門を、岡八郎は村人の鵜飼を演じました。
第四話:大地真央
第四話のゲストは大地真央。1999年5月4日に初回放送され、視聴率は26%でした。
古畑は友人から紹介され、大地演じる歯科医の金森晴子のクリニックを訪問。その時、金森の元恋人・山村も治療を受けており、彼は金森を捨てて彼女の元で働く歯科助手と新しく付き合っていました。
それを恨んだ金森は、山村殺害を実行し、古畑に事実を突き止められていきます。
第五話:津川雅彦
第五話ゲストは、津川雅彦です。1999年5月11日に初回放送、視聴率は27.8%を記録。
津川が演じたのは、官能小説家の安斎亨です。安斎には三浦理恵子演じる若い妻・香織がいますが、香は安斎の担当編集と浮気をしていました。
浮気を知っている安斎は、殺害計画を企みますが、この回はシリーズを通して唯一未遂で終わっています。
第六話:市村正親
第六話のゲストは市村正親。初回放送は1999年5月18日で、視聴率は24.6%でした。
市村が演じるのは楽団の人気指揮者である黒井川尚です。彼の愛人でビオラ奏者の滝川ルミを、別れ話のもつれから殺害してしまいます。黒井川は、ルミのことが好きだったクラリネット奏者の石森に嫌疑が向くように工作します。
しかし、新曲アルバムの収録現場に訪れた古畑によって、黒井川の犯行は見破られていきます。
第七話:田中美佐子
第七話は田中美佐子がゲストで登場します。初回放送は1999年5月25日で、視聴率は23.7%です。
田中美佐子演じる女流囲碁棋士の小田嶋さくらは、夫から激しい束縛を受けていました。彼女のテレビ出演まで反対し、やめさせようとした為、さくらは夫を懐中電灯で撲殺してしまいます。
彼女の熱狂的なファンによる犯行に見せかけようとさくらは偽装工作をしますが、大雑把な料理の腕前があだとなり、古畑に見破られてしまいます。
第八話:福山雅治
第八話のゲストはミュージシャンとしても大人気の福山雅治です。初回放送は1999年6月1日で、視聴率は26.2%。
福山が演じたのは、車椅子の科学者・堀井岳です。同僚で学生時代からの親友の等々力が、堀井の元恋人・片桐と婚約したため、堀井は等々力の殺害を計画します。
堀井は遠隔装置付きの爆弾を使って等々力を殺害、嫌疑が片桐に向くように仕組みますが、古畑に見破られてしまいます。シリーズ中、唯一凶器に爆弾が使用された回です。
第九話:玉置浩二
第九話、玉置浩二がゲストとして登場しています。1999年6月8日に初回放送され、視聴率は23.2%です。
玉置は西洋美術研究家の臺修三を演じています。妻と一緒に飛行機で日本に向かう途中、愛人の市川由美子が同席していることに気付いた臺は、市川をトイレに連れ込みます。その時、飛行機が揺れたせいで頭を打った由美子は死亡してしまいます。
死因が事故死かつ、古畑が事件に関与しないという珍しいパターンです。
第十話及び十一話:江口洋介
第十話及び十一話のゲストは江口洋介です。九話の初回放送は1999年6月15日で、視聴率23.2%、十話の初回放送は1999年6月22日で、視聴率28.3%を記録しています。
江口は動物愛護団体SAZ(Save Animals of Zoo)の雇われリーダー・日下光司を演じました。実はSAZはテロ活動を行っており、それを明らかにしようとした牟田という男が殺害されます。しかし、テロ活動の証拠が記録された牟田の手帳が入ったバックは、電車に置き忘れられて今いました。
そのバッグを取り返そうと、日下は偽のトレインジャック事件を起こそうとしますが、使用で鉄道会社に来ていた古畑に計画を見破られていきます。
スペシャル:松本幸四郎
第三シーズンのスペシャル回のゲストは松本幸四郎です。初回放送は2004年1月3日、視聴率は20%でした。
松本が演じたのは、黛竹千代という中南米某国の特命全権大使です。現地企業と癒着をしていた黛は、それを参事官の川北に暴露されそうになり、彼を殺害してしまいます。
黛は、現地の反日団体の犯行に見せかけようとしますが、休暇でその国を訪れていた古畑が大使館に登場し、事件を見破られていきます。
シリーズ中、唯一犯人が自殺してしまうパターンです。また、古畑の部下である今泉が登場しないエピソードでもあります。