初心者用！コナンのあらすじの本筋だけをネタバレありで紹介！【黒の組織・赤井ファミリー・FBI】

『名探偵コナン』のあらすじを簡単にいうと、黒ずくめの組織に毒薬を飲まされて子どもの姿になった高校生探偵・工藤新一が、「江戸川コナン」と名乗って事件を解決しながら、組織を追って元の体に戻る方法を探す物語です。 原作は1994年に「週刊少年サンデー」で連載が始まり、2026年9月時点でコミックスは108巻まで刊行されている連載中の作品です。1996年1月8日に始まったテレビアニメは2026年に放送30周年を迎え、記念作品となる2時間スペシャル「名探偵コナン 30号殺人事件」が9月25日(金)よる9時から金曜ロードショー(読売テレビ・日本テレビ系)で放送されます。 1話完結の事件が多い一方で、黒の組織・FBI・公安・赤井ファミリーが絡む「本筋」は長い連載のなかに点在しています。本記事では、劇場版のオープニングでおなじみのセリフを出発点に、本筋に関わる重要エピソードだけを時系列順に紹介します。各エピソードには原作の巻数とアニメの話数も添えているので、途中から見始める人や一気におさらいしたい人は参考にしてください。ネタバレを多分に含むのでご注意ください。

俺は高校生探偵、工藤新一。幼馴染で同級生の毛利蘭と遊園地へ遊びに行って、黒ずくめの男の怪しげな取引現場を目撃した。 取引を見るのに夢中になっていた俺は、背後から近づいてくるもう一人の仲間に気づかなかった。 俺はその男に毒薬を飲まされ、目が覚めたら……体が縮んでしまっていた。 工藤新一が生きているとヤツらにばれたら、また命を狙われ、周りの人間にも危害が及ぶ。 阿笠博士の助言で正体を隠すことにした俺は、蘭に名前を聞かれてとっさに……「江戸川コナン」と名乗り、やつらの情報をつかむために、父親が探偵をやっている蘭の家に転がりこんだ......。 たった一つの真実見抜く見た目は子供、頭脳は大人、その名は、名探偵コナン！ 劇場版『名探偵コナン』では、コナンがオープニングで以上のようなおなじみのあらすじを紹介をしてくれています。この冒頭セリフは、いよいよ映画が始まるというワクワク感を与えてくれる名長ゼリフですよね。 ここからは、このあらすじから続くストーリーについて、詳細にネタバレ解説していきます。

高校生探偵の工藤新一は幼なじみの蘭と共に遊園地を訪れますが、乗ったジェットコースターで殺人事件が発生します。事件解決後、現場に居合わせた黒ずくめの男たちが気になった新一は、蘭を先に帰らせて男の片割れを尾行することにします。 新一は尾行先で彼らの取引現場を目撃しますが、もうひとりの仲間であるジンに後ろから頭を殴られます。口封じとして毒薬「APTX4869(アポトキシン4869)」を飲まされ、意識を失う新一。しばらくして目が覚めたときには、薬の副作用で身体が縮んでしまっていました。 正体が発覚すれば周囲の人間に危害が及ぶと考えた新一は、蘭に対し咄嗟に「江戸川コナン」と名乗ります。以降は蘭の父親・毛利小五郎が経営する毛利探偵事務所に居候し、コナンとして生活しながら元の姿に戻る手がかりを探すことになります。

米花街で10億円強奪事件が発生し、コナンは事件の首謀者が探偵事務所を訪ねた広田雅美であると推理します。コナンは蘭と共に彼女を追跡しますが、そこで今回の事件の黒幕が黒の組織であることや、広田の正体が組織の構成員・宮野明美であることに気付きます。 明美は今回の犯行計画を成功させれば、妹と一緒に組織を脱退させてやるとジンに持ちかけられていました。明美は犯行で得た10億円と引き替えに妹を引き渡すよう要求しますが、ジンはこれを拒否。組織は妹を渡す気など最初からなく、10億円の隠し場所を教えない明美はジンに撃たれてしまいます。 駆けつけたコナンに明美は10億円の隠し場所を教え、組織より早く回収してほしいと頼み息を引き取ります。明美の死を目の当たりにしたコナンは組織に怒りを覚え、組織を必ず壊滅させることを誓うのでした。

コナンのクラスに灰原哀が転校してきます。その正体は黒の組織で薬の研究開発をしていた宮野志保(シェリー)で、コナンが工藤新一であることも知っていました。 灰原は姉の明美が殺されたことで組織に反発し、拘束された後は自身が作った「APTX4869」を飲んで自殺を図ります。しかし薬の副作用で幼児化し、組織を抜け出すことに成功。工藤邸の前で力尽き倒れていたところを阿笠博士に保護されました。 宮野明美の死は灰原の心に暗い影を落としており、灰原の恩師・広田教授が殺害された事件では、コナンに自分が明美の妹であることを明かし、「なぜ姉を助けてくれなかったの」と泣きながらコナンを問い詰めています。

ある日、コナンと灰原は道端に停車していたジンのポルシェに盗聴器と発信器を仕掛け、盗聴した会話の内容から、組織のメンバー「ピスコ」がホテルで暗殺計画を企てていることを知ります。 コナンと灰原はそのホテルに向かいますが、ピスコを見つける前に殺人が起きてしまい、騒動の中で灰原がピスコに捕まります。酒蔵に監禁された灰原は、中国の酒「白乾児(パイカル)」で一時的に元の姿に戻って脱出しますが、そこでジンとウォッカの待ち伏せに遭います。 絶体絶命の危機に陥った灰原ですが、間一髪のところでコナンが助けに入り、ふたりはその場から逃げることに成功します。その後、ピスコは任務で失態を犯したことで組織に見限られ、ボスの命を受けたジンに射殺されました。

学園祭が間近に迫ったある日、蘭に正体がバレていることを認識したコナンは蘭に本当のことを話そうとしますが、「正体を明かせば組織の標的のひとりにされてしまう」と灰原に釘を刺されます。 学園祭当日、演劇の最中に殺人事件が発生し、そこへ本物の新一が現れて事件を解決します。この時コナンは解毒剤で一時的に新一の姿に戻っており、客席にはコナンに変装した灰原が来ていました。コナンと新一が同時に現れたことで、蘭はコナンと新一は違う人物だと考えるようになります。 翌日の夜、新一はレストランに蘭を誘いますが、またしても殺人事件が発生。事件後に薬の効果が切れてしまい、コナンの姿に戻ってしまいます。再び新一が消えて悲しむ蘭に、コナンは「ずっと待っていてほしい」と新一としての想いを伝え、言葉を受けた蘭は元気を取り戻します。

ある冬の日、コナンたちはスキーのため路線バスに乗りますが、途中でジョディ・スターリング・新出・赤井秀一が乗車した際、組織の気配を感じ取った灰原が震え出します。直後、バスジャック事件が発生。コナンたちは協力して犯人グループを制圧しますが、バスが急停車した際の衝撃で時限爆弾が起動します。 乗客たちは急いでバスから離れますが、灰原は周囲の人に組織の危害が及ぶことを恐れ、ひとり車内に残って死を選びます。しかし爆発寸前でコナンに助け出され、「自分の運命から逃げるな」と言われたことで、自分の運命に対し前向きに考えるようになります。 この事件にはFBIのジョディと赤井が居合わせており、新出に変装した組織のメンバー(ベルモット)を尾行中でした。バスジャックに巻き込まれたことで尾行は中断せざるを得なくなり、赤井は調査を再び出直すことにします。

ある日、小五郎の元に殺人を仄めかす「季節外れのハロウィンパーティー」の招待状が届き、新一の家にも同様の手紙が届きます。差出人がベルモットだと知ったコナンは、灰原に変装してベルモットと接触しようとします。 その夜、ジョディは阿笠邸から灰原(コナン)を連れ出し、仲間を待機させた埠頭にベルモットを誘い込もうとします。しかし逆に罠に嵌められ、ベルモットの相棒・カルバドスに負傷させられます。さらにそこへ本物の灰原が来てしまい、事態は最悪の状況に。 灰原に危機が迫ったその時、トランクに潜んでいた蘭が彼女を庇い、その隙にジョディは赤井と共に反撃します。深手を負ったベルモットは相棒を見捨て、コナンを人質に逃走。そこでコナンは組織のボスに繋がる手がかりを掴みますが、ベルモットに眠らされ逃げられてしまいました。

小五郎の元にアナウンサーの水無怜奈が相談に訪れますが、回収し忘れた盗聴器から水無が組織のメンバー「キール」であることが発覚。コナンはFBIと協力して暗殺計画を阻止しますが、逃走中に水無の運転するバイクが転倒し、意識不明の重体に陥った彼女は杯戸中央病院に入院します。 時を同じくして、探偵事務所に水無によく似た顔の本堂瑛祐が訪ねてきます。瑛祐は姉の瑛海の行方を知るため水無に接触しますが、そこで水無と瑛海が同一人物であることや、彼女の正体がCIAの諜報員であることを明かされます。 話を聞いた赤井は、瑛祐を保護する代わりに水無に組織に戻って情報をFBIに流すよう提案します。組織に戻った水無はジンに赤井の暗殺を指示され、赤井を来葉峠に呼び出します。来葉峠で赤井と落ち合った水無は命令通り赤井を撃ち、彼の車ごと爆破してその場を後にしました。

赤井の死後、コナンの元に組織に戻った水無から「組織の切れ者『バーボン』がシェリーを探している」との連絡が入ります。翌日、木馬荘を全焼させた犯人を暴いたコナンは、木馬荘に住んでいた沖矢昴に工藤邸に住ませてほしいと頼まれ、灰原の警戒をよそにこれを快諾します。 一方、銀行強盗に遭遇したジョディの前に、顔に火傷を負った赤井が現れます。さらにコナンと面識があるという世良真純や、探偵事務所1階の喫茶店で働く安室透が急接近し、沖矢・世良・安室の3人にバーボンの疑いがかけられます。 豪華列車「ミステリートレイン」の事件では、バーボンの正体が安室であることや、火傷姿の赤井が彼の変装だったことが判明。コナンは母・有希子や怪盗キッドと協力して安室とベルモットを欺き、灰原を守り切ることに成功します。

ある事件でコナンは、世良の携帯の待ち受け画面に謎の少女が映っていることに気付きます。後日、コナンは蘭や園子と共に世良の住んでいるホテルに遊びに行きますが、そこで殺人事件に巻き込まれます。 事件解決後、コナンは世良の部屋に仕掛けた盗聴器で音を拾おうとしますが、部屋に戻った世良に盗聴器を破壊されてしまいます。部屋には待ち受けに写っていた謎の少女がおり、コナンには自分のことを「領域外の妹」とだけ答えるよう世良に命令します。

安室の正体が公安であると気付いたコナンは、杯戸中央病院に潜伏していた組織の人間・楠田陸道が拳銃自殺した事実を隠すようジョディたちに釘を刺しますが、変装したベルモットに情報を知られてしまいます。 事実を知った安室は、赤井の死が楠田の遺体を利用して偽装されたものだと確信し、沖矢の正体が赤井であると見抜きます。安室は工藤邸に向かい沖矢を問い詰めますが、仲間が追跡中の車から赤井が姿を現したと聞いて驚きます。 コナンは安室の動きを先読みしており、工藤邸にいた沖矢は新一の父・優作が変装した姿でした。自分の推理を覆され、赤井に本名の「降谷零」を知られた安室は工藤邸を後にします。その後、赤井は再び沖矢として工藤邸に戻りました。

不動産会社社長が殺害される事件が発生し、事件参考人として呼ばれた阿笠にコナンと沖矢が同行します。 事件現場を見た沖矢は、17年前に起きた羽田浩司殺害事件と状況が酷似していることに気付き、コナンに自分の父・赤井務武が17年前の事件に関与していたことや、その事件をきっかけにFBIを志すようになったことを話します。 羽田浩司は羽田秀吉の義兄で、当時は有名な天才棋士でした。灰原の話によればAPTX4869の使用者リストに羽田浩司の名前があったそうで、コナンたちは事件の関係者のひとり「浅香」が組織のナンバー2「ラム」ではないかと推理します。

ロックミュージシャン・波土禄道が5年ぶりの新曲「アサカ(ASACA)」を出すと発表。コナンと沖矢は「浅香」の手掛かりを得るべく、蘭たちのリハーサル見学に同行しますが、そこで安室と梓に変装したベルモットに遭遇し、直後に波土の首吊り遺体が発見されます。 今回の事件で沖矢は、ビルの屋上で自決したスコッチを思い出します。組織に公安であることがバレたスコッチは赤井に追い詰められ、駆けつける安室の足音を追手と勘違いして自決。安室は赤井がスコッチを自決に追いやったと思い、赤井を強く憎むようになります。 その後、波土の死が自殺であり、「浅香」とは関連がないと判明。安室は沖矢が赤井と同じ左利きだったことから再び沖矢の正体を疑うようになり、沖矢との再会を望みながらホールを後にします。

デパートで起きた事件を解決した後、コナンは世良がイギリスに留学していたことを隠していることに気付き、10年前に海水浴場でFBIに入る前の赤井や世良と出会っていたことを思い出します。 この回想で世良真純が赤井秀一と羽田秀吉の妹であることや、「領域外の妹」が世良の母・メアリー世良であることが判明します。コナンは現在のメアリーが中学生ほどの容姿をしていることに対し「APTX4869」の副作用で身体が幼児化したからではないかと推測します。 『名探偵コナン』は2014年からラム編に突入し、組織のナンバー2である「ラム」の正体を巡って様々な推測が行われていました。 そしてついに第100巻の1066話「RUM」にて、「ラム」の正体が明らかになりました。ラムの正体はなんとコナンの近くに潜むあの人物で......。 ラムの正体を知りたい方はこちらをクリック！

組織のナンバー2・ラムの正体は、原作100巻のFILE.1066「RUM」(アニメ第1079話「黒ずくめの謀略(正体)」)で読者に明かされました。ただし、これで本筋が完結したわけではありません。 原作では組織のボス「あの方」が烏丸蓮耶であることも示されていますが、組織が何を目的に動いているのか、コナンや灰原が元の体に戻れるのかといった核心は、2026年9月時点でも描かれていません。コミックスは2026年4月8日発売の108巻が最新刊で、物語はいまも「週刊少年サンデー」で続いています。 2026年はテレビアニメの放送30周年にあたり、4月10日には劇場版第29作『名探偵コナン ハイウェイの堕天使』が公開され、興行収入は130億円を突破しました。30周年記念作品のテレビスペシャル「名探偵コナン 30号殺人事件」は完全オリジナルストーリーの2時間スペシャルで、9月25日(金)よる9時から金曜ロードショーで放送されます。本筋を押さえてから記念作品や新作エピソードを見ると、キャラクター同士の関係がより楽しめます。

「名探偵コナン」では、まだまだ未解決の謎がたくさんあります。その謎はこれからの展開でどんどん明らかになっていくことでしょう。初心者の人もそうでない人も、本筋を押さえておけば新しいエピソードや劇場版をより深く楽しめるはずです。